Флавивирусы: проникновение в клетку и ингибиторы репродукции

Исследование конформационных превращений белков оболочки флавивирусов, сопровождающих проникновение вирусов в клетку, методом молекулярной динамики. Молекулярный дизайн и систематический поиск низкомолекулярных противовирусных соединений — потенциальных средств для профилактики или лечения клещевого энцефалита, лихорадки денге и других социально значимых заболеваний

Вирусы рода Flavivirus вызывают опасные и широко распространённые инфекционные заболевания: лихорадки денге и Западного Нила, жёлтую лихорадку, клещевой энцефалит. Эти заболевания переносятся комарами или клещами и передаются человеку при укусе. Несмотря на значительные усилия мирового научного сообщества, к настоящему времени доступны средства профилактики (вакцины) лишь для клещевого энцефалита, жёлтой лихорадки и японского энцефалита. Для лечения клещевого энцефалита используются препараты иммуноглобулинов, имеющие ограниченную применимость. Средств эффективного предотвращения либо специфического лечения иных флавивирусных заболеваний, в том числе редких (омская геморрагическая лихорадка, энцефалит Повассан, энцефалит Сент-Луис и т.д.), в настоящее время не существует.

В сотрудничестве с Институтом полиомиелита и вирусных энцефалитов имени М. П. Чумакова и другими научными организациями сотрудники лаборатории ведут исследования в областях вычислительной структурной биологии, химической вирусологии, хемогеномики, дизайна и поиска новых противовирусных соединений, липидомики. Основными объектами исследований в настоящее время являются белки E оболочки вириона флавивирусов, в частности, вируса клещевого энцефалита. Эти белковые макромолекулы образуют внешнюю оболочку вирусной частицы, как выполняя функцию её изоляции от внешней среды, так и играя важную роль в процессе проникновения вируса в клетку хозяина. Конформационные изменения, происходящие в белках оболочки при понижении рН в эндосоме, приводят к образованию белковых шипов, вонзающихся в мембрану и перегруппировывающих липиды таким образом, чтобы генетический материал вируса мог проникнуть в цитоплазму и осуществить репликацию.

Virion

Благодаря достижениям современной структурной биологии накоплен значительный массив структурных данных о флавивирусах и белках их оболочки, однако детальное понимание механизма конформационных изменений и слияния мембран до сих пор не достигнуто. Наши исследования в этой области позволяют выявить факторы, влияющие на этот механизм и его эффективность, путём сравнения особенностей штаммов вируса клещевого энцефалита, отличающихся точечными аминокислотными заменами, а также путём поиска ингибиторов слияния и анализа спектра их противовирусной активности.

Нами было установлено, что важнейшим фактором, влияющим на способность вируса клещевого энцефалита связываться с низкоаффинными клеточными рецепторами — молекулами гликозаминогликанов — является не аминокислотная последовательность белка оболочки, а его подвижность и характер движения (Kozlovskaya et al., 2010). Точечные аминокислотные замены, индуцирующие изменение подвижности, оказывают влияние также на такие свойства вируса, как термостабильность и фенотип.

На основе результатов виртуального скрининга методом молекулярного докинга нами идентифицированы низкомолекулярные соединения, относящиеся к различным классам, с высокой противовирусной активностью в отношении вируса клещевого энцефалита, а также проявляющие активность в отношении других флавивирусов — вируса омской геморрагической лихорадки и вируса Повассан (Osolodkin et al., 2013; Sedenkova et al., 2015). В настоящее время ведётся дизайн и синтез новых соединений, которые могли бы обладать превосходящими свойствами, на основе результатов прогноза методом докинга и анализа лиганд-рецепторных взаимодействий методом молекулярной динамики (Dueva et al., 2014).

flavivirus

Ведутся исследования по моделированию молекулярной динамики для гетеротетрамерного фрагмента оболочки вириона, состоящего из двух субъединиц белка Е и двух субъединиц белка М. Предварительный анализ был проведён для неявно заданной мембраны (Osolodkin et al., 2012), в настоящее время накоплены и анализируются траектории длительной молекулярной динамики (500 нс) для гетеротетрамерного фрагмента оболочки вируса клещевого энцефалита. При расчётах используется суперкомпьютер "Ломоносов" (НИВЦ МГУ).

Публикации

Финансирование

  • Гранты Российского фонда фундаментальных исследований: 12-04-31317, 14-03-31566, 14-03-00469, 15-04-08365, 16-03-01057 и др.
  • Грант Российского научного фонда: 16-15-10307.